幻之试炼2的核心挑战在于应对随机生成的关卡与首领，其中首领战是通关的关键。每日击败3名首领可领取金币奖励，彻底通关可获得专属称号。首领战需根据忍者特性选择流派，例如秘卷流依赖一字连柱或土流枪等秘卷强化，配合秘卷独臂、背水等能力提升爆发伤害；奥义流需替换原奥义为高伤技能并叠加结印增强等增益；普攻流则需岩落之拳等强化普攻的搭配。不同流派需结合首领特性调整策略，例如面对秽土斑的霸体阶段需优先使用抓取技能。
第六关和第七关的首领难度较高，佩恩天道的万象天引和神罗天征对普攻流派压制明显，需依靠远程技能或秘卷控制；宇智波带土忍界大战分三阶段，需应对其召唤外道魔像和人柱力干扰。隐藏首领如须佐鼬需通过光门触发，满血击败前五关首领可提高光门出现概率。扭曲空间隐藏关卡需同时击败黑白双人，奖励额外宝箱但难度较大，建议根据当前状态谨慎选择。
解锁日向花火需先击败须佐鼬并装备英雄之证通关秽土斑，此后可用她挑战幻神称号。日向花火操作难度较高，需依赖运气获取强力能力强化，例如独臂系能力需注意负面效果。新增的蛤蟆龙伙伴可减少技能CD并吸引火力，三代目情报能提前提示首领信息或宝箱内容，合理利用这些机制可降低通关压力。
通关后解锁的我爱罗可变形为晓鼬等BOSS形态，增加玩法多样性。若追求效率，可通过修罗模式与普通模式交替刷取试炼币，快速积累资源强化属性。幻之试炼2需平衡运气与策略，熟悉首领机制并灵活调整流派是通关的核心要点。
