要开启迷失岛2的三周目，首先需要完成一周目和二周目的全部流程，包括收集所有关键道具和解锁隐藏成就。一周目通关后，主菜单会显示新游戏+选项，选择该选项即可进入二周目。二周目会继承一周目的部分道具，并新增额外的谜题和密室，完成后同样会解锁新游戏+选项，选择即可进入三周目。需三周目会进一步提升游戏难度，并引入新的剧情线索。
在二周目中，玩家需重点关注六个三角形石块的收集，这些石块分布在灯塔、工厂和神庙等场景。其中灯塔二层的分布图是解开神庙密室的关键，需按照图示将石块放入对应位置。工厂的铁箱谜题则需要将红色眼睛块放入中心，并参照神庙密室中的章鱼图案点亮对应眼睛。完成这些步骤后，玩家可在金字塔密室通过华容道谜题获取最终密码，输入密码后即可完成二周目。
三周目的开启条件与二周目类似，但部分谜题的解法会发生变化。神庙密室的壁画密码需结合游戏致谢名单中的图案重新解读，而金字塔密室的密码则需通过光锥道具与NPC对话获取。三周目会新增一个红色箱子，位于灯塔二层，开启后可获得特殊船票，将其寄出能解锁邮递员成就。这些新增内容需要玩家更细致地探索场景和记录线索。
完成三周目后，玩家可继续挑战更高难度或探索隐藏任务。游戏中的时间限制和协作机制在三周目中会更加严格，建议提前规划行动路线。与NPC的对话内容也可能包含新的提示，需仔细阅读。三周目是对玩家解谜能力和观察力的终极考验，但通过系统性的探索和逻辑推理，完全可以顺利通关。
